Откуда взялись два угла на картах Рамачандрана?

Список разделов Альтернативная Физика Уголок Кушелева

Модератор: Kushelev

Сообщение #1 Kushelev » 11.01.2017, 10:57

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 84 302

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Откуда взялись два угла на картах Рамачандрана?

Изображение

Исследователь решил, что атомы азота углерода и кислорода пептидной группы лежат в одной плоскости.

Изображение
В действительности атом азота находится за пределами плоскости, проходящей через два атома углерода и атом кислорода группы ССОH. В пикотехнологической модели аминокислоты аланина атом азота показан синим цветом, кислород - красным, два атома углерода между ними - голубым. Третий атом углерода - это радикал аланина. Пустой многогранник из колец - это место группы OH, которую замещает азот следующей аминокислоты в процессе построения белковой молекулы рибосомой.

Ошибка под названием "плоскость пептидной группы" как раз и порождает два угла "фи" и "пси" вместо одного, который связан с поворотом очередной аминокислоты на конце тРНК:

Изображение Изображение

Внизу находится группа азота, которая замещает группу OH предыдущей аминокислоты, установленной в белковую "цепь".

Однако пептидная группа представляет собой сустав, который может плавно гнуться:

ИзображениеИзображениеИзображение
Это позволяет плавно менять угол между соседними аминокислотными остатками.

Изображение
Поэтому в одном положении при образовании водородной связи с четвёртым по счёту аминокислотным остатком формируется альфа-спираль белка (примерно 3.6...3.7 аминокислотных остатка на виток),

Изображение
а в другом положении при образовании водородной связи с третьим по счёту аминокислотным остатком формируется 310-спираль белка (примерно 3 аминокислотных остатка на виток)

Изображение
Последовательность кодов альфа-спирали и 310-спирали приводит к запрограммированному плавному изгибу смешанной альфа-310-спирали.

Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/58/
Kushelev M
Автор темы
Аватара
Откуда: г.Дмитров
Репутация: -204
Сообщения: 3307
Темы: 233
С нами: 3 года 1 месяц

Вернуться в Уголок Кушелева

Кто сейчас на форуме (по активности за 5 минут)

Сейчас этот раздел просматривают: 1 гость

cron