Откуда взялись два угла на картах Рамачандрана?

Board index Альтернативная Физика Уголок Кушелева

Moderator: Kushelev

Post #1by Kushelev » 11.01.2017, 10:57

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 84 302

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Откуда взялись два угла на картах Рамачандрана?

Image

Исследователь решил, что атомы азота углерода и кислорода пептидной группы лежат в одной плоскости.

Image
В действительности атом азота находится за пределами плоскости, проходящей через два атома углерода и атом кислорода группы ССОH. В пикотехнологической модели аминокислоты аланина атом азота показан синим цветом, кислород - красным, два атома углерода между ними - голубым. Третий атом углерода - это радикал аланина. Пустой многогранник из колец - это место группы OH, которую замещает азот следующей аминокислоты в процессе построения белковой молекулы рибосомой.

Ошибка под названием "плоскость пептидной группы" как раз и порождает два угла "фи" и "пси" вместо одного, который связан с поворотом очередной аминокислоты на конце тРНК:

Image Image

Внизу находится группа азота, которая замещает группу OH предыдущей аминокислоты, установленной в белковую "цепь".

Однако пептидная группа представляет собой сустав, который может плавно гнуться:

ImageImageImage
Это позволяет плавно менять угол между соседними аминокислотными остатками.

Image
Поэтому в одном положении при образовании водородной связи с четвёртым по счёту аминокислотным остатком формируется альфа-спираль белка (примерно 3.6...3.7 аминокислотных остатка на виток),

Image
а в другом положении при образовании водородной связи с третьим по счёту аминокислотным остатком формируется 310-спираль белка (примерно 3 аминокислотных остатка на виток)

Image
Последовательность кодов альфа-спирали и 310-спирали приводит к запрограммированному плавному изгибу смешанной альфа-310-спирали.

Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/58/
Kushelev M
Topic author
Avatar
Location: г.Дмитров
Reputation: -204
Posts: 3307
Topics: 233
With us: 3 yaers 10 months

Return to Уголок Кушелева

Who is online (over the past 5 minutes)

Users browsing this forum: 1 guest

cron