Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Список разделов Альтернативная Физика Уголок Кушелева

Модератор: Kushelev

Сообщение #1 Kushelev » 22.01.2017, 21:19

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Skype, 2017-01-22:

[12:11:20] Va12220(valqwa): мне бы для твоего многогранника из треугольников
ao = mesh vertices: #([1.36,1.414,-0.5],[1.36,1.414,0.5],[1.36,-1.414,-0.5],
[1.36,-1.414,0.5],[0.3599,-1.414,0.5],[0.3599,-1.414,-0.5],[1.86,0.7071,-1],
[2.36,0,-0.5],[1.86,-0.7071,-1],[1.36,0,-1.5],[-0.1401,-0.7071,1],
[1.86,0.7071,1],[2.36,0,0.5],[1.86,-0.7071,1],[1.36,0,1.5],[-0.1401,-0.7071,-1],
[-1.347,4.776,1.022],[-0.6401,4.276,1.522],[0.06697,4.776,1.022],[-0.6401,5.276,0.5217],
[-2.054,4.276,0.5217],[-2.054,4.276,-0.4783],[0.7741,4.276,0.5217],
[0.7741,4.276,-0.4783],[-0.6401,4.276,-1.478],[-1.347,4.776,-0.9783],
[-0.6401,5.276,-0.4783],[0.06697,4.776,-0.9783],[-0.6401,0,-1.478],
[-2.054,1.414,-0.4783],[-2.054,1.414,0.5217],[0.7741,1.414,-0.4783],
[0.7741,1.414,0.5217],[-0.6401,0,1.522],[-2.64,1.414,0.5],[-2.64,1.414,-0.5],
[-1.64,-1.414,-0.5],[-1.64,-1.414,0.5],[-2.64,-1.414,0.5],[-2.64,-1.414,-0.5],
[-1.14,-0.7071,-1],[-3.14,0.7071,1],[-2.64,0,1.5],[-3.14,-0.7071,1],
[-3.64,0,0.5],[-1.14,-0.7071,1],[-3.14,0.7071,-1],[-2.64,0,-1.5],
[-3.14,-0.7071,-1],[-3.64,0,-0.5]) \
faces: #([3,4,5],[5,6,3],[7,8,9],[9,10,7],[13,12,14],[15,14,12],[6,5,11],[3,9,4],
[4,9,13],[13,14,4],[9,8,13],[15,11,4],[4,14,15],[11,5,4],[15,12,2],[9,3,6],
[1,7,10],[1,2,12],[12,8,1],[1,8,7],[12,13,8],[17,18,19],[19,20,17],[25,26,27],
[27,28,25],[24,28,23],[28,20,23],[28,27,20],[20,19,23],[17,21,18],[23,19,18],
[26,22,21],[21,20,26],[26,20,27],[21,17,20],[22,26,25],[21,22,30],[30,31,21],
[22,25,29],[29,30,22],[34,18,21],[21,31,34],[33,23,18],[18,34,33],[23,33,24],
[24,33,32],[25,28,24],[32,29,25],[25,24,32],[37,38,39],[39,40,37],[43,42,44],
[45,44,42],[47,48,49],[49,50,47],[45,50,44],[50,40,44],[50,49,40],[40,39,44],
[37,41,38],[44,39,38],[41,40,48],[48,40,49],[41,37,40],[50,45,42],[42,36,50],
[50,36,47],[42,35,36],[38,46,44],[46,43,44],[43,46,34],[11,15,34],[6,16,9],
[9,16,10],[16,29,10],[41,48,29],[43,35,42],[43,31,35],[43,34,31],[34,15,33],
[33,15,2],[10,32,1],[10,29,32],[29,48,30],[48,47,36],[36,30,48],[30,36,31],
[31,36,35],[1,32,33],[33,2,1],[41,46,38],[16,6,11],[11,34,16],[16,34,29],
[29,34,46],[46,41,29]) \
wirecolor: [255,255,255]

ещё бы центры всех атомов бы
там их у тебя 5 штук.
[15:17:14] Кушелев Александр Юрьевич: Не проблема. Напишу через пол часа
[15:17:24] Кушелев Александр Юрьевич: Тут главная мысль посетила...
[15:20:09] Кушелев Александр Юрьевич: Главное в программе - возможность менять в интерактивном режиме углы 123456 всех аминокислот одновременно и по отдельности, как ты делал уже. Я тебе покажу эту анимацию. Но это не всё. Самый интересный для подстройки угол не композиционный, а танспозиционный. Т.е. тот, где аминокислотный остаток гнётся, как сустав. Его тоже нужно уметь менять в реальном времени для всех аминокислот и для каждой в отдельности. Тогда можно будет любой белок правильно построить на геометрическом уровне с ручной подстройкой.
[16:30:25] Кушелев Александр Юрьевич:

Изображение
[16:31:05] Кушелев Александр Юрьевич: Здесь показано изменение транспозиционного угла, который не кодируется, но меняется в зависимости от ряда условий.
[16:32:40] Кушелев Александр Юрьевич: После установки аминокислоты в растущую белковую "цепь" выступающий из плоскости атом азота последнего аминокислотного остатка займёт место кислорода (показан голубым) предыдущего аминокислотного остатка.
[16:33:43] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому координаты центра атома азота на не нужны. Они совпадут с координатами центра атома кислорода предыдущего аминокислотного остатка.
[16:44:24] Кушелев Александр Юрьевич: Координаты центров четырёх атомов:
ATOM 1 N ALA A 1
ATOM 2 CA ALA A 1 0.850 0.000 0.000 1.00 0.50 A
ATOM 3 C ALA A 1 0.000 0.000 1.000 1.00 0.50 A
ATOM 4 O ALA A 1 0.000 0.000 1.850 1.00 0.50 A
ATOM 5 CB ALA A 1 -0.850 0.000 0.000 1.00 0.50 A
[16:45:19] Кушелев Александр Юрьевич: Но так центры атомов расположены в плоскости XOZ, а группа СО вдоль оси Z
[16:46:20] Кушелев Александр Юрьевич: После добавление радикала нужно эту группу переместить так, чтобы в начале координат оказался центр атома CA.
[16:47:19] Кушелев Александр Юрьевич: А ось Z должна выйти из центра атома CA и пройти через центр атома азота, координаты которого я написать затрудняюсь.
[16:47:40] Кушелев Александр Юрьевич:
Изображение
[16:47:59] Кушелев Александр Юрьевич: Атом азота выходит за плоскость, проходящую через центры 4 атомов.
[16:50:31] Кушелев Александр Юрьевич: Но нам и не нужны координаты атома азота. Нужно чтобы ось Z прошла через центр атома CA и центры колец (граней 14-гранника) расположенных между CA и N и с противоположной стороны от ядра CA.
[16:52:23] Кушелев Александр Юрьевич: Угол наклона этой оси равен углу октаэдра. Вокруг этой оси и будет откладываться угол по таблице 123456
[16:53:03] Кушелев Александр Юрьевич: За 0 нужно принять угол, когда соседние аминокислотных остатки расположены в альфа-спирали
[16:56:46] Кушелев Александр Юрьевич: Транспозиционный угол связан с поворотом атома СА и атома азота следующего аминокислотного остатка, который займёт место кислорода (голубенький). Тут надо определиться с системой отсчёта. От чего откладывать транспозиционный угол.
[17:07:57] Кушелев Александр Юрьевич: Транспозиционный угол отмеряется вокруг оси параллельной оси Y и проходящей через центра атома CA. За нулевое значение (до настройки) нужно взять угол, когда нижние атомы в этой модели находятся в среднем положении, т.е. ориентированы одинаково:
Изображение

Изображение

[17:14:00] Кушелев Александр Юрьевич: Так должен быть ориентирован последний остаток во время установки в белковую цепь. Он должен вращаться вокруг оси Z
[17:14:34] Кушелев Александр Юрьевич: Нулевой угол - угол альфа-спирали
[17:17:43] Кушелев Александр Юрьевич: Вот, где мы обсуждали настройку углов в твоей программе, что удачно получилось: http://nanoworld.org.ru/topic/223/page/90/
[17:18:35] Кушелев Александр Юрьевич: Там и иллюстрации сохранились:

Изображение
[17:19:18] Кушелев Александр Юрьевич:

Изображение
[17:19:54] Кушелев Александр Юрьевич:

Изображение
[17:20:18] Кушелев Александр Юрьевич: Так должен быть ориентирован предыдущий аминокислотный остаток
[17:20:43] Кушелев Александр Юрьевич:

Изображение
[17:20:56] Кушелев Александр Юрьевич: Цитата: Кушелев: Ну вот, теперь мы знаем координаты центров всех электронов общих атомов аминокислотных остатков...
[17:21:36] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/223/page/91/

Skype, 2017-01-22:
[20:03:09] Кушелев Александр Юрьевич: Выловил одну ошибочку алгоритма:
Изображение
[20:03:31] Кушелев Александр Юрьевич: Здесь начало отсчтёта должно быть в центре атома (центр голубого шарика)
[20:03:46] Кушелев Александр Юрьевич: А модель опущена на радиус атома вниз
[20:04:14] Va12220(valqwa): хорошо. я уже дома но в программу пока не нырял
[20:06:52] Кушелев Александр Юрьевич:
Изображение
[20:07:05] Кушелев Александр Юрьевич: В этой модели есть координаты центров атомов и центров электронов
[20:07:27] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://nanoworld.org.ru/post/11978/#p11978
[20:10:55] Кушелев Александр Юрьевич: Вращаться вообще-то должна последняя аминокислота, а не эта вместе с построенной частью белка. Это уже потом, когда произойдёт стыковка, нужно будет повернуть последний аминокислотный остаток в нулевую позицию вместе со всем белком, а потом перевести позицию предпоследнего, который должен после этого реверса стоять по отношению к последнему как в альфа-спирали. Этого вроде не было реализовано ни в одной версии Пикотех
[20:11:50] Кушелев Александр Юрьевич: Точнее не должен, а как бы должен, если последний триплет был альфа-спиральным
[20:13:18] Кушелев Александр Юрьевич: Т.е. в случае альфа-кода последний аминокислотный остаток попадёт на место предыдущего, а в случае других кодов попадёт на то же место, но там не будет предыдущего остатка.
[20:17:59] Кушелев Александр Юрьевич: В этих двух скриптах есть все координаты для предпоследнего аминокислотного остатка:
[20:18:00] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/post/12063/#p12063
[20:18:22] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/post/12064/#p12064
[20:20:06] Кушелев Александр Юрьевич:
Изображение
[20:20:40] Кушелев Александр Юрьевич: А тут я похоже сделал неправильный алгоритм, хотя альфа-спираль получается: http://nanoworld.org.ru/topic/223/page/94/
[20:21:31] Кушелев Александр Юрьевич:
Изображение
[20:21:54] Кушелев Александр Юрьевич: Вот здесь уже модели аминокислотных остатков нормально в альфа-спираль уложились
[20:22:26] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/post/12069/#p12069
[20:23:04] Кушелев Александр Юрьевич: Но ... тут я не подумал о транспозиционных углах, поэтому аминокислотные остатки состыковались с перекосами...
[20:24:23] Кушелев Александр Юрьевич:
Изображение
[20:24:42] Кушелев Александр Юрьевич: Я и цветную модель делал в 2012-ом году: http://nanoworld.org.ru/topic/223/page/95/
[20:25:16] Кушелев Александр Юрьевич: Все типы спиралей: http://nanoworld.org.ru/post/12095/#p12095
[20:26:05] Кушелев Александр Юрьевич: А гормон панкреатической железы построен неправильно:
[20:26:06] Кушелев Александр Юрьевич:
Изображение
[20:27:24] Кушелев Александр Юрьевич: Так что придётся делать строго по сегодняшнему алгоритму. Алгоритм 2012 года сделан не с теми начальными углами. И переход последнего аминокислотного остатка на место предпоследнего сделан неправильно.
[20:27:40] Va12220(valqwa): ура!
[20:28:27] Кушелев Александр Юрьевич: Спирали инсулина касаются и гнутые, но касаются не теми радикалами и гнуты неправильно...
[20:28:42] Кушелев Александр Юрьевич:
Изображение
[20:29:35] Кушелев Александр Юрьевич: Вот что я писал в 2012-ом: "Вот он, правильный инсулин.
Только теперь его удалось получить меняя не три, а всего лишь один композиционный угол!"
[20:29:48] Кушелев Александр Юрьевич: А на самом деле придётся делать по-настоящему...
[20:30:10] Va12220(valqwa): ну наконец то
[20:30:20] Va12220(valqwa): не зря я тебе мозги промывал ацетоном вчера
[20:31:20] Кушелев Александр Юрьевич:
Изображение
[20:32:07] Кушелев Александр Юрьевич: Так меняется транспозиционный угол. Его придётся менять и для одного, и для всех аминокислот в реальном времени. Сейчас покажу, как ты такое делал в 2012-ом...
[20:32:46] Кушелев Александр Юрьевич:
Изображение
[20:32:57] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/259/page/3/
[20:33:17] Кушелев Александр Юрьевич: Это я менял один угол альфа-спирали для всех аминокислотных остатков сразу
[20:33:59] Кушелев Александр Юрьевич: А надо будет сделать не только "1", но и "23456" и транспозиционный тоже. И тоже в реал тайм.
[20:34:13] Кушелев Александр Юрьевич: Но сначала нужно собрать алгоритм правильно.
[20:35:23] Кушелев Александр Юрьевич: Давай для начала поставим правильно первый и второй аминокислотные остатки.
[20:35:55] Кушелев Александр Юрьевич: И потом подумаем, как последний ставить на место предпоследнего в случае альфа-спирали.
[20:36:45] Кушелев Александр Юрьевич: А в случае не альфа-спирали нужно будет делать реверс последнего остатка, но уже вместе с построенной частью белка
[20:37:14] Кушелев Александр Юрьевич: А потом переводить как бы в положение предпоследнего, если бы это была альфа-спираль.
[20:39:56] Кушелев Александр Юрьевич: Короче, возвращаемся сюда и делаем в твоей программе такую модель:
[20:39:57] Кушелев Александр Юрьевич:
Изображение
[20:40:24] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/post/12063/#p12063
http://nanoworld.org.ru/post/12064/#p12064
Тут координаты
[20:40:25] Va12220(valqwa): серые шарики что обозначают ?
[20:40:43] Кушелев Александр Юрьевич: Центры электронов-колец
[20:41:02] Кушелев Александр Юрьевич: А более крупные - ядра углерода
[20:41:14] Кушелев Александр Юрьевич: Синий - азот
[20:41:15] Va12220(valqwa): а голубой шарик без колец там у тебя
[20:41:54] Кушелев Александр Юрьевич: А голубой - кислород, который будет вытолкнут (замещён) азотом последней аминокислоты сверху вниз
[20:42:42] Кушелев Александр Юрьевич: Голубой шарик должен находиться в начале координат: (0,0,0)
[20:42:55] Кушелев Александр Юрьевич: Но вращаться должна сначала верхняя аминокислота
[20:43:03] Va12220(valqwa): но колечки вокруг него тоже нужны и важны
[20:43:08] Кушелев Александр Юрьевич: А после установки должен быть реверс всей структуры
[20:43:19] Кушелев Александр Юрьевич: Колечки будут
[20:43:27] Кушелев Александр Юрьевич: Ведь на это место встанет азот с колечками
[20:44:04] Кушелев Александр Юрьевич: Верхняя (последняя аминокислота) должна опускаться в таком положении:
[20:44:26] Кушелев Александр Юрьевич:
Изображение
[20:45:13] Кушелев Александр Юрьевич: И перед тем, как её опустить, нужно её повернуть по варианту 123456, опустить
[20:46:10] Кушелев Александр Юрьевич: А потом объединить с нижней (и всем белком), сделать реверс в позицию 1 (альфа-спираль, начало отсчёта угла), после чего последний аминокислотный остаток вместе со всем белком поставить на место предпоследнего.
[20:46:43] Кушелев Александр Юрьевич: Это будет модель реального процесса в рибосоме.
[20:50:04] Кушелев Александр Юрьевич: Чтобы получить нулевой угол (угол альфа-спирали) нужно нижнюю модель перевести в положение верхней так, чтобы они были в композиции альфа-спирали
[20:59:44] Кушелев Александр Юрьевич: Верхний остаток нужно будет вместе с нижним потом повернуть так, чтобы ось иксов показывала нулевой угол для верхнего. А нижний будет ориентирован "как получится"
[21:01:42] Кушелев Александр Юрьевич: Угол альфа-спирали нужно будет настраивать параллельно с транспозиционным углом. Иначе он неправильным будет...
[21:03:10] Кушелев Александр Юрьевич: И после настройки сделать его нулевым для верхнего (последнего) аминокислотного остатка. Для этого нужно будет оба остатка синхронно повернуть так, чтобы ось иксов показала нулевой угол поворота для верхнего.
[21:03:36] Кушелев Александр Юрьевич: И тогда мы будем знать правильное положение нижнего.
Kushelev M
Автор темы
Аватара
Откуда: г.Дмитров
Репутация: -204
Сообщения: 3307
Темы: 233
С нами: 3 года 1 месяц

Сообщение #2 Kushelev » 24.01.2017, 21:29

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 84 755

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

>ENA|AAD33871|AAD33871.1 Homo sapiens (human) alpha-tubulin
ATGCGTGAGTGCATCTCCATCCACGTTGGCCAGGCTGGTGTCCAGATTGGCAATGCCTGC
TGGGAGCTCTACTGCCTGGAACACGGCATCCAGCCCGATGGCCAGATGCCAAGTGACAAG
ACCATTGGGGGAGGAGATGATTCCTTCAACACCTTCTTCAGTGAGACGGGGGCTGGCAAG
CATGTGCCCCGGGCAGTGTTTGTAGACTTGGAACCCACAGTCATTGATGAAGTTCGCACT
GGCACCTACCGCCAGCTCTTCCACCCTGAGCAACTTATCACAGGCAAAGAAGATGCTGCC
AATAACTATGCCCGAGGGCACTACACCATTGGCAAGGAGATCATTGACCTCGTGTTGGAC
CGAATTCGCAAGCTGGCCGACCAGTGCACGGGTCTCCAGGGCTTCTTGGTTTTCCACAGC
TTTGGTGGGGGAACTGGTTCTGGGTTCACCTCGCTGCTCATGGAACGTCTCTCAGTTGAT
TATGGCAAGAAGTCCAAGCTGGAGTTCTCTATTTACCCGGCGCCCCAGGTTTCCACAGCT
GTAGTTGAGCCCTACAACTCCATCCTCACCACCCACACCACCCTGGAGCACTCTGATTGT
GCCTTCATGGTAGACAATGAGGCCATCTATGACATCTGTCGTAGAAACCTCGATATTGAG
CGTCCAACCTATACTAACCTGAATAGGTTAATAGGTCAAATTGTGTCCTCCATCACTGCT
TCCCTGAGATTTGATGGAGCCCTGAATGTTGACCTGACAGAATTCCAGACCAACCTGGTG
CCCTATCCCCGCATCCACTTCCCTCTGGCCACATATGCCCCTGTCATCTCTGCTGAGAAA
GCCTACCATGAACAGCTTTCTGTAGCAGAGATCACCAATGCTTGCTTTGAGCCAGCCAAC
CAGATGGTGAAATGTGACCCTCGCCATGGTAAATACATGGCTTGCTGCCTGTTGTACCGT
GGTGACGTGGTTCCCAAAGATGTCAATGCTGCCATTGCCACCATCAAGACCAAGCGTACC
ATCCAGTTTGTGGATTGGTGCCCCACTGGCTTCAAGGTTGGCATCAACTACCAGCCTCCC
ACTGTGGTGCCTGGTGGAGACCTGGCCAAGGTACAGAGAGCTGTGTGCATGCTGAGCAAC
ACCACAGCCATTGCTGAGGCCTGGGCTCGCCTGGACCACAAGTTTGACCTGATGTATGCC
AAACGTGCCTTTGTTCACTGGTACGTTGGGGAGGGGATGGAGGAAGGTGAGTTTTCAGAG
GCCCGTGAGGACATGGCTGCCCTTGAGAAGGATTATGAGGAGGTTGGTGTGGATTCTGTT
GAAGGAGAGGGTGAGGAAGAAGGAGAGGAATAC

Композиционный код-4:

1,3,1,1,1,1,1,1,3,1,1,3,3,1,1,3,1,3,1,1,1,1,1,1,1,4,3,1,1,1,1,1,3,1,1,1,2,3,1,1,1,3,4,2,2,3,3,1,1,1,
1,1,1,3,1,4,4,3,1,1,3,4,1,4,2,4,3,2,1,1,3,1,2,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,3,3,1,2,1,3,3,3,3,1,
3,1,3,1,2,4,1,1,1,3,1,1,1,1,3,1,1,4,1,1,2,3,1,1,4,1,1,1,1,4,3,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,3,4,2,3,3,3,4,1,1,
4,4,1,1,3,3,1,2,3,3,3,1,1,1,1,1,4,1,1,3,3,1,4,4,1,1,3,1,2,3,2,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,3,3,3,
1,1,1,2,1,3,1,1,1,3,1,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,2,1,3,3,1,4,3,1,3,2,3,3,3,4,1,1,1,3,3,1,4,3,3,3,2,1,4,3,3,
1,4,2,3,1,1,1,1,4,4,1,3,1,1,1,1,1,3,4,1,2,3,1,3,1,1,3,3,1,3,1,1,3,3,1,3,3,2,2,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,
1,1,4,3,3,1,3,1,3,3,3,1,1,3,1,1,4,1,1,3,3,1,4,3,1,3,3,1,3,3,1,3,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,4,3,1,1,1,3,1,
1,1,3,1,1,1,1,1,3,1,3,4,4,3,3,2,1,4,1,1,2,1,3,3,4,1,1,4,1,1,1,2,1,3,3,1,1,1,3,1,4,1,1,1,3,1,4,1,3,1,
3,3,1,3,3,1,1,1,3,4,1,4,1,1,3,3,1,3,2,1,1,3,1,1,1,3,1,3,1,1,3,3,1,1,3,3,4,3,3,3,3,2,1,3,1,3,3,2,1,3,

Композиционный код-6:

5,3,1,1,1,1,1,1,3,5,5,3,3,5,5,3,5,3,1,1,1,1,1,1,1,4,3,1,1,1,1,1,3,5,5,5,2,3,5,5,5,3,5,2,2,3,3,1,1,1,
1,1,1,3,4,4,4,3,5,5,3,4,4,4,2,5,3,2,5,5,3,5,2,5,3,3,3,3,5,3,1,1,1,1,1,1,1,1,3,5,3,3,5,2,5,3,3,3,3,5,
3,5,3,5,2,4,1,1,1,3,1,1,1,1,3,1,1,4,1,1,2,3,1,1,4,1,1,1,1,4,3,1,1,1,1,1,3,5,5,5,3,3,5,2,3,3,3,4,1,1,
4,4,1,1,3,3,5,2,3,3,3,1,1,1,1,1,4,1,1,3,3,1,4,4,1,1,3,5,2,3,2,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,3,3,3,
5,5,5,2,5,3,5,5,5,3,5,5,3,3,3,5,5,3,3,5,3,2,5,3,3,5,5,3,5,3,2,3,3,3,4,1,1,1,3,3,5,5,3,3,3,2,5,5,3,3,
5,5,2,3,1,1,1,1,4,4,1,3,1,1,1,1,1,3,5,5,2,3,5,3,5,5,3,3,5,3,5,5,3,3,5,3,3,2,2,5,5,5,3,3,5,3,5,2,1,1,
1,6,4,3,3,5,3,5,3,3,3,5,5,3,1,1,4,1,1,3,3,5,5,3,5,3,3,5,3,3,5,3,1,1,1,1,1,1,3,5,5,5,3,5,3,5,5,5,3,5,
5,5,3,1,1,1,1,1,3,5,3,5,5,3,3,2,1,4,1,1,2,5,3,3,4,1,6,4,1,1,1,2,5,3,3,5,5,5,3,1,4,1,1,1,3,5,5,5,3,5,
3,3,5,3,3,5,5,5,3,4,1,4,6,1,3,3,5,3,2,5,5,3,5,5,5,3,5,3,5,5,3,3,5,5,3,3,5,3,3,3,3,2,5,3,5,3,3,2,5,3,

Вторичная структура (Пикотех-2017):

Изображение

В структуре первой субъединицы встречается 3 метионина.

>ENA|AAD33873|AAD33873.1 Homo sapiens (human) beta-tubulin
ATGAGGGAAATCGTGCACATCCAGGCTGGTCAGTGTGGCAACCAGATCGGTGCCAAGTTC
TGGGAGGTGATCAGTGATGAACATGGCATCGACCCCACCGGCACCTACCACGGGGACAGC
GACCTGCAGCTGGACCGCATCTCTGTGTACTACAATGAAGCCACAGGTGGCAAATATGTT
CCTCGTGCCATCCTGGTGGATCTAGAACCTGGGACCATGGACTCTGTTCGCTCAGGTCCT
TTTGGCCAGATCTTTAGACCAGACAACTTTGTATTTGGTCAGTCTGGGGCAGGTAACAAC
TGGGCCAAAGGCCACTACACAGAGGGCGCCGAGCTGGTTGATTCTGTCCTGGATGTGGTA
CGGAAGGAGGCAGAGAGCTGTGACTGCCTGCAGGGCTTCCAGCTGACCCACTCACTGGGC
GGGGGCACAGGCTCTGGAATGGGCACTCTCCTTATCAGCAAGATCCGAGAAGAATACCCT
GATCGCATCATGAATACCTTCAGTGTGGTGCCTTCACCCAAAGTGTCTGACACCGTGGTC
GAGCCCTACAATGCCACCCTCTCCGTCCATCAGTTGGTAGAGAATACTGATGAGACCTAT
TGCATTGACAACGAGGCCCTCTATGATATCTGCTTCCGCACTCTGAAGCTGACCACACCA
ACCTACGGGGATCTGAACCACCTTGTCTCAGCCACCATGAGTGGTGTCACCACCTGCCTC
CGTTTCCCTGGCCAGCTCAATGCTGACCTCCGCAAGTTGGCAGTCAACATGGTCCCCTTC
CCACGTCTCCATTTCTTTATGCCTGGCTTTGCCCCTCTCACCAGCCGTGGAAGCCAGCAG
TATCGAGCTCTCACAGTGCCGGAACTCACCCAGCAGGTCTTCGATGCCAAGAACATGATG
GCTGCCTGTGACCCCCGCCACGGCCGATACCTCACCGTGGCTGCTGTCTTCCGTGGTCGG
ATGTCCATGAAGGAGGTCGATGAGCAGATGCTTAACGTGCAGAACAAGAACAGCAGCTAC
TTTGTGGAATGGATCCCCAACAATGTCAAGACAGCCGTCTGTGACATCCCACCTCGTGGC
CTCAAGATGGCAGTCACCTTCATTGGCAATAGCACAGCCATCCAGGAGCTCTTCAAGCGC
ATCTCGGAGCAGTTCACTGCCATGTTCCGCCGGAAGGCCTTCCTCCACTGGTACACAGGC
GAGGGCATGGACGAGATGGAGTTCACCGAGGCTGAGAGCAACATGAACGACCTCGTCTCT
GAGTATCAGCAGTACCAGGATGCCACCGCAGAAGAGGAGGAGGATTTCGGTGAGGAGGCC
GAAGAGGAGGCC

Композиционный код-4:

1,1,3,1,4,1,1,1,3,3,1,3,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,4,1,3,3,3,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,4,1,4,1,1,1,3,4,1,
1,3,3,1,2,3,1,3,3,3,3,3,1,1,4,4,3,2,3,3,4,1,1,1,3,3,1,2,3,3,3,1,1,1,3,3,2,1,1,3,2,3,3,1,3,4,2,3,1,1,
1,1,3,1,1,1,2,1,1,1,1,4,3,3,3,1,4,3,4,2,4,1,1,2,1,1,3,1,1,4,1,1,1,1,4,1,1,2,4,1,4,1,2,1,3,2,1,1,3,1,
3,1,1,1,1,2,3,3,1,3,3,1,1,1,3,1,1,3,4,4,3,2,1,3,4,3,1,1,4,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,3,1,1,2,1,3,3,3,1,1,3,
1,3,1,1,1,1,1,3,3,1,1,1,1,3,4,1,4,1,2,2,1,1,4,3,4,1,1,3,1,2,1,1,1,3,3,1,1,1,1,1,3,1,3,1,1,1,3,3,1,1,
1,1,1,2,1,1,1,1,1,1,2,3,1,3,1,3,1,3,1,3,1,3,1,1,1,3,2,1,1,1,3,2,3,1,2,4,4,3,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,
3,1,3,1,1,1,1,1,2,1,1,1,4,3,3,1,1,3,3,4,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,1,4,1,1,1,1,1,1,1,3,4,3,1,1,1,1,3,1,1,
2,1,1,3,1,1,2,3,3,1,1,1,1,2,1,1,1,3,1,3,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,3,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,2,1,
1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,3,1,1,1,1,3,1,1,2,3,1,1,1,3,1,3,1,1,1,3,1,1,3,1,3,3,2,1,3,

Композиционный код-6:

5,5,3,1,4,1,1,1,3,3,5,3,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,4,1,3,3,3,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,4,1,4,1,1,1,3,5,5,
5,3,3,5,2,3,5,3,3,3,3,3,1,1,4,4,3,2,3,3,4,1,6,1,3,3,5,2,3,3,3,5,5,5,3,3,2,5,5,3,2,3,3,5,3,5,2,3,1,1,
1,1,3,5,5,5,2,1,1,1,1,4,3,3,3,5,5,3,5,2,5,5,5,2,5,5,3,1,1,4,1,1,1,1,4,1,1,2,4,1,4,1,2,5,3,2,5,5,3,5,
3,1,1,1,1,2,3,3,5,3,3,5,5,5,3,5,5,3,5,5,3,2,5,3,5,3,1,1,4,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,3,5,5,2,5,3,3,3,5,5,3,
5,3,1,1,1,1,1,3,3,1,1,1,1,3,4,1,4,1,2,2,4,4,4,3,5,5,5,3,5,2,5,5,5,3,3,1,1,1,1,1,3,5,3,5,5,5,3,3,1,1,
1,1,1,2,1,1,6,1,1,1,2,3,5,3,5,3,5,3,5,3,5,3,5,5,5,3,2,5,5,5,3,2,3,5,2,5,5,3,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,6,1,
3,5,3,1,1,1,1,1,2,1,1,1,4,3,3,5,5,3,3,4,6,1,6,1,1,1,3,5,5,5,3,1,4,1,1,1,1,1,1,1,3,5,3,1,1,1,1,3,5,5,
2,5,5,3,5,5,2,3,3,1,1,1,1,2,5,5,5,3,5,3,5,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,3,1,6,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,2,1,
1,1,6,1,1,6,1,1,1,1,3,1,1,1,6,1,1,1,1,3,5,3,1,1,1,1,3,5,5,2,3,5,5,5,3,5,3,5,5,5,3,5,5,3,5,3,3,2,5,3,

Изображение

В структуре второй субъединицы встречается целых 9(девять!) Met (метионинов). На них спирали заметно гнутся. А на кодах "4" заметно (градусов на 20) скручиваются. Поэтому форма модели сильно отличается, если не учитывать эти изгибы и скручивания.

Виктория Соколик писал(а):Мне для японцев нужен координатный файл гетеродимера, а использовать "сказочную" модель из базы данных не хочется. Моя программа виснет при работе с двумя белками сразу.
Ещё раз спрашиваю: в своих программах или вьюере Вы могли бы ориентировать две мои модели хотя бы рядом друг с другом. Мне туда ещё молекулы куркумина всунуть надо.
А дальше пусть они сами с этим играются.

Кушелев: Две модели можно крутить в программе HiperChem

Вы объясните заказчикам, что стуктуры этих белков содержат метионины и коды 310-спирали. Поэтому нужно учитывать скручивание и изгиб спиралей. Валентин делает версию Пикотех, которая поможет легко настроить средние углы и в интерактивном режиме поправлять модели конкретных белков вручную, т.е. в режиме пошаговой сборки модели.

А на модели из PDB, как мы с Вами понимаем, надеяться не приходится :)

Добавлено спустя 5 минут 53 секунды:
Изображение
Кстати, вторая субъединица содержит длинный участок программной спирали...
Kushelev M
Автор темы
Аватара
Откуда: г.Дмитров
Репутация: -204
Сообщения: 3307
Темы: 233
С нами: 3 года 1 месяц

Сообщение #3 Kushelev » 25.01.2017, 18:23

Kushelev M
Автор темы
Аватара
Откуда: г.Дмитров
Репутация: -204
Сообщения: 3307
Темы: 233
С нами: 3 года 1 месяц

Сообщение #4 Kushelev » 28.01.2017, 13:09

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Skype:

[27.01.2017 0:26:03] Va12220(valqwa): вот видишь. ничего ты не можешь делать в маше. абсолютно. только рисовать.
зачем мне писать вычисления того, что неделько посчитал в маше, и ты в маше это посчитанное используешь. Взял бы и вытянул из маши это в цифре - нет - не можешь. только в виде картинки.

ты не можешь ничего из маши вытянуть кроме картинок, а мне предлагаешь программировать в маше. Извини - но маша не дает точных моделей. она изначально раcсчитана на построение изображений. Вот поэтому ты уже вторую ночь пытаешься меня заставить посчитать все координаты и вектора показывая постоянно гифки, ссылаешься на алгоритмы, предлагаешь копаться в кодах программ на паскале... а даже на элементарную просьбу дать центры торов и соответствующие им нормали - ты ответ не смог дать. зато картинок насовал ... уже не грузится Эксплорер )))

вот потому сиди и жди, коль не владеешь цифрами. смотри на картинки
[27.01.2017 0:38:23] Кушелев Александр Юрьевич: Неделько в Маше не считал. Он взял координаты из программы Ggenedit, которая построила модели по моим генам виртуальной реальности.
[27.01.2017 0:39:16] Кушелев Александр Юрьевич: Я тебе сказал, как получить то, что ты хочешь за несколько минут.
[27.01.2017 0:39:19] Кушелев Александр Юрьевич: Ты не хочешь
[27.01.2017 0:39:23] Va12220(valqwa): вот поэтому ты до сих пор ничего не понимаешь, только строишь картинки.
а дальше не смог сдвинуться
[27.01.2017 0:40:07] Кушелев Александр Юрьевич: Это не картинки. Это модели белков, но без радикалов. Ну и без интерактивного режима, что сильно усложняет настройку. Я же не программист, чтобы писать сложные программы.
[27.01.2017 0:40:31] Кушелев Александр Юрьевич: Ты одно кольцо смог же создать? Смог!
[27.01.2017 0:40:49] Кушелев Александр Юрьевич: Ну так покрути его 7 раз, получишь октаэдр :)
[27.01.2017 0:41:03] Кушелев Александр Юрьевич: Или ты только кубик можешь? ;)
[27.01.2017 0:41:34] Кушелев Александр Юрьевич: Алгоритм хорош тем, что его можно в любой среде быстро повторить.
[27.01.2017 0:41:48] Кушелев Александр Юрьевич: А координаты каждый раз нужно заново пересчитывать
[27.01.2017 0:42:57] Кушелев Александр Юрьевич: Почему ты не хочешь построить 8 колец по элементарному алгоритму?
[27.01.2017 0:43:39] Кушелев Александр Юрьевич: Достаточно будет изменить радиус одного кольца, и по тому же алгоритму пересчитаются радиусы всех колец белковой молекулы
[27.01.2017 0:44:45] Кушелев Александр Юрьевич: Если у тебя октаэдр не получается, спроси, я тебе по шагам подскажу, что, куда поворачивать и на сколько двигать.
[27.01.2017 0:48:36] Va12220(valqwa): как ты не хочешь понять. с завидным упорством долбишь стену.

неделько (и многие другие) дали тебе способ построения картинок.
ура
ты благодаря этому смог сдвинуться. и "на глазок" смог настроить весьма много "очень похож на оригиналы известные"

но вот уже несколько лет буксуешь. потому что у тебя есть алгоритм построения картинок.
да простой агоритм. взл. скопировал. повернул три раза. подвинул. добавил. сдвинул. повернул 3 раза. и т.д.

но ты ведь и сам видишь - этого мало. и тем не менее все равно просишь сделать ну чуть более сложный алгоритм и тоже именно "построения картинок"

я же тебя пытаю и прошу мне помочь скинуть то что ты высчитываешь (а ты не можешь этого сделать ибо ты не высчитываешь - ты строишь картинки) - Но так и напиши - нету у меня цифр, не проси у меня. есть только картинки и представление как из них делать более сложные.

вот я и пытаюсь из твоего долбостукания об стену сообразить как построить модель (компьютерную) в которой можно менять и и радиусы, и углы, и их "жесткость" и "мягкость" ... и ещё много иных параметров.
мне не интересно написать ещё одну программу построения картинок - их у тебя и так хватает.
[27.01.2017 0:50:42] Кушелев Александр Юрьевич: И как ты собираешься строить модель 8-гранного атома, если у меня же и нормали просишь?
[27.01.2017 0:50:50] Кушелев Александр Юрьевич: И я тебе их дал, но ты по ним не смог построить.
[27.01.2017 0:50:55] Кушелев Александр Юрьевич: Знаешь почему?
[27.01.2017 0:51:20] Кушелев Александр Юрьевич: Потому что нужно было ещё центры электронов правильно задать. И их радиусы
[27.01.2017 0:51:51] Кушелев Александр Юрьевич: Я тебе подсказал, как их точно и быстро посчитать, но ты ждёшь, чтобы я за тебя это сделал :)
[27.01.2017 0:52:09] Кушелев Александр Юрьевич: Я тебе в уме всё посчитал. Чего ты ещё ждёшь?
[27.01.2017 0:52:20] Кушелев Александр Юрьевич: Вставляй в свою прогу
[27.01.2017 0:52:54] Кушелев Александр Юрьевич: Точнее не сможешь посчитать всё равно
[27.01.2017 0:53:14] Кушелев Александр Юрьевич: Атом углерода - идеальный октаэдр
[27.01.2017 0:53:39] Кушелев Александр Юрьевич: А в идеальном октаэдре нормали имеют координаты 1,1,1 и т.д.
[27.01.2017 0:54:13] Va12220(valqwa): я просто попросил у тебя цифры. их у тебя нет. мне надо было для тестовых построений и для внедрения в модель дополнительных данных

на выходе ты хочешь ведь получить не картинку а структуру. объект PDB формат
PDB формат = внктри компьютера - это не очень сложная но и не сильно прстая структура.
эта структура к сожалению не позволяет сделать кольцегранный(кольцевой) вьювер. её надо дополнить немалым количеством переменных. непростых переменных, а тоже структурных.
если это не сделать сейчас, то потом они уже не появятся. и снова будет у тебя огрызок. я так не хочу
[27.01.2017 0:54:34] Кушелев Александр Юрьевич: Координаты центра электрона возьми 0.5,0.5,0.5
[27.01.2017 0:55:00] Va12220(valqwa): а поскольку цифр у тебя нет - я вот сижу и сам "придумываю" их.
вот я и просил у тебя дать мне цифры, поскольку ты это уже 20 лет как используешь.

кстати - это неправильные координаты )
координаты первого электрона должны быть 0 0 0
и уже от этого можно легко построить кольцегранник согласно твоим векторам )

но вопрос 2 на каком расстоянии должны располагаться торы-окружности ?
вопрос 3 - координаты цента тора-окружности для данного тобой расстояния ?
[27.01.2017 0:55:19] Кушелев Александр Юрьевич: Что ты придумываешь? Всё уже придумано 20 лет назад
[27.01.2017 0:55:50] Кушелев Александр Юрьевич: Построй электрон по координатам центра и нормали
[27.01.2017 0:56:08] Кушелев Александр Юрьевич: Чего тянуть-то?
[27.01.2017 0:56:19] Кушелев Александр Юрьевич: Других координат ты не найдёшь
[27.01.2017 0:56:40] Кушелев Александр Юрьевич: И точнее не построишь.
[27.01.2017 1:00:33] Va12220(valqwa): а сл этап -научить прграмму правиьно поворачивать и сдвигать построенную структуру.
кстати в маше кажется правило "буравчика" обратное общепринятому. по-моему.
[27.01.2017 1:01:02] Va12220(valqwa): ну да ладно
[27.01.2017 1:02:01] Кушелев Александр Юрьевич: Ты одно кольцо правильно построй по координатам центра и нормали, которые я тебе дал.
[27.01.2017 1:02:21] Кушелев Александр Юрьевич: Если получится, будем строить остальные 7 граней октаэдра :)
[27.01.2017 1:12:10] Va12220(valqwa): и так - где расстояние от центра атома до центра тора ?
радиус тора ?
[27.01.2017 1:13:37] Кушелев Александр Юрьевич: Это - длина вектора, соединяющая начало координат с центром кольца
[27.01.2017 1:14:14] Va12220(valqwa): это я знаю ) я спрашиваю цифру
[27.01.2017 1:14:33] Va12220(valqwa): чему равна "длина вектора, соединяющая начало координат с центром кольца"
[27.01.2017 1:14:41] Кушелев Александр Юрьевич: Увеличь его и будет ОК :)
[27.01.2017 1:15:06] Va12220(valqwa): нет. я так не умею. это ты на картинках увеличиваешь и смотришь - ок или нет.
[27.01.2017 1:15:18] Кушелев Александр Юрьевич: Там что-то типа синуса или косинуса 35.28
[27.01.2017 1:15:33] Va12220(valqwa): можешь посмотреть на своих картинках ))) и сказать мне длину вектора
[27.01.2017 1:15:39] Кушелев Александр Юрьевич: Есть такой угол. Называется тетраэдрическим
[27.01.2017 1:15:52] Va12220(valqwa): Саша - не могу.
[27.01.2017 1:15:59] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас
[27.01.2017 1:16:41] Va12220(valqwa): ну и заодно радиус большого диаметра тора )
[27.01.2017 1:19:09] Кушелев Александр Юрьевич: Радиус электрона равен длине вектора, соединяющего начало координат с центром электрона умножить на тангенс 35.28
[27.01.2017 1:19:56] Va12220(valqwa): ты вообще то понял что я попросил ?
[27.01.2017 1:20:33] Кушелев Александр Юрьевич: Если координаты вектора 0.5,0.5,0.5, то нужно взять квадраты, т.е. 0.25+0.25+0.25, извлечь из этой суммы квадратный корень.
[27.01.2017 1:20:53] Кушелев Александр Юрьевич: Дальше умножай на тангенс 35.28 и получишь радиус электрона :)
[27.01.2017 1:21:30] Va12220(valqwa): факт что не понял
[27.01.2017 1:21:44] Va12220(valqwa): а если координаты вектора 1 1 1 ?
[27.01.2017 1:21:53] Va12220(valqwa): или 1 0 1
[27.01.2017 1:21:58] Va12220(valqwa): или 10 2 50
[27.01.2017 1:22:10] Кушелев Александр Юрьевич: Вектора, соединяющего начало координат с центром электрона?
[27.01.2017 1:22:31] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда в два раза больше и радиус электрона будет
[27.01.2017 1:22:39] Va12220(valqwa): начало координат в центре атома. а центр электрона мне неизвестен
[27.01.2017 1:22:59] Кушелев Александр Юрьевич: Я же тебе сказал, что координаты центра электрона 0.5,0.5,0.5
[27.01.2017 1:23:10] Кушелев Александр Юрьевич: Вектор нормали 1,1,1
[27.01.2017 1:24:07] Кушелев Александр Юрьевич: Радиус электрона будет sqrt(0.25+0.25+0.25)*tg 35.28
[27.01.2017 1:24:12] Va12220(valqwa): с какого бодуна там центр электрона по этой нормали ?

ну построй себе там в маше картинку именно так что бы центр атома был в начале координат
а центры электронов так как ты пишешь - и посмотри
[27.01.2017 1:24:47] Кушелев Александр Юрьевич: Зачем мне маша, когда я это на бумаге тремя линиями могу нарисовать?
[27.01.2017 1:25:09] Va12220(valqwa): ну и рисуй на бумаге. а мне цифры.
[27.01.2017 1:25:10] Кушелев Александр Юрьевич: Ты, вероятно, уже 2+2 в Матлабе считаешь :)
[27.01.2017 1:25:32] Кушелев Александр Юрьевич: Тебе сложить 0.25 три раза? 0.75 будет
[27.01.2017 1:25:44] Кушелев Александр Юрьевич: Квадратный корень из 0.75 извлечь?
[27.01.2017 1:25:59] Кушелев Александр Юрьевич: На tg 35.28 умножить?
[27.01.2017 1:26:02] Va12220(valqwa): да
[27.01.2017 1:26:18] Кушелев Александр Юрьевич: Ну, блин, Вы и даёте, Семён Семёныч...
[27.01.2017 1:27:05] Кушелев Александр Юрьевич: sqrt(0.75)=0.866
[27.01.2017 1:28:07] Кушелев Александр Юрьевич: Тангенс 35.28 = 0.7075
[27.01.2017 1:28:38] Кушелев Александр Юрьевич: Их произведение 0.613
[27.01.2017 1:28:45] Кушелев Александр Юрьевич: Это радиус электрона будет.
[27.01.2017 1:29:25] Кушелев Александр Юрьевич: Нам радиус электрона нужен 0.85. Значит координаты центра электрона будут:
[27.01.2017 1:30:07] Кушелев Александр Юрьевич: 0.694,0.694,0.694
[27.01.2017 1:31:15] Кушелев Александр Юрьевич: Я такой ерундой никогда не занимаюсь. В Маше можно просто подправить радиус на глазок. Та же точность 0.1% будет, только за минуту.
[27.01.2017 1:31:51] Va12220(valqwa): я тебе верю) особенно с машей на мазок на глазах
[27.01.2017 1:32:20] Кушелев Александр Юрьевич: А зачем тебе точность выше 3 десятичных цифр?
[27.01.2017 1:32:27] Va12220(valqwa): если честно то у тебя по всем ссылкам твои что ты мне накидал - совсем иные стоят цифры
[27.01.2017 1:32:58] Va12220(valqwa): у тебя ВООБЩЕ другие цифры из того что ты ранее мне кидал
[27.01.2017 1:33:18] Va12220(valqwa): при чем не 0.1 % а 10-20% разница
[27.01.2017 1:33:26] Кушелев Александр Юрьевич: Там кольцо создавалось в начале координат. Потом отодвигалось, поворачивалось вокруг одной из осей на 35.28, потом вокруг другой оси на 45...
[27.01.2017 1:33:50] Кушелев Александр Юрьевич: Я делал модель, которую потом нужно было масштабировать.
[27.01.2017 1:34:11] Кушелев Александр Юрьевич: А сейчас я тебе сразу дал цифры для радиуса электрона 0.85А
[27.01.2017 1:34:27] Кушелев Александр Юрьевич: Ты пока строй одно кольцо, а я спать. :)
[27.01.2017 1:35:02] Va12220(valqwa): это не влияет на постоянные константы.
в данном случае радиус электрона и расстояние до его центра от центра атома - постоянные константы. именно эти цифры я попросил тебя мне дать. что бы ты потом не говорил мне -что я мол неверно считаю
[27.01.2017 1:35:27] Va12220(valqwa): завтра нарисую покажу. сейчас тоже выключаюсь
[27.01.2017 1:36:13] Кушелев Александр Юрьевич:

Изображение
[27.01.2017 1:36:27] Кушелев Александр Юрьевич: Глянь, что творится: http://nanoworld.org.ru/topic/1567/
[27.01.2017 1:36:34] Кушелев Александр Юрьевич: Можно завтра, на свежую голову :)
Kushelev M
Автор темы
Аватара
Откуда: г.Дмитров
Репутация: -204
Сообщения: 3307
Темы: 233
С нами: 3 года 1 месяц

Сообщение #5 Kushelev » 30.01.2017, 17:48

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 85 008

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

aest писал(а):Если замыкание произошло автоматическим способом без вмешательства руками, то в целом для разумного человека, специалиста по молекулярной биологии это должно быть аргументом (таково мое мнение). И это важный результат.

Кушелев: Конечно автоматически. Я вручную модели не строю :)
Kushelev M
Автор темы
Аватара
Откуда: г.Дмитров
Репутация: -204
Сообщения: 3307
Темы: 233
С нами: 3 года 1 месяц

Сообщение #6 Kushelev » 02.02.2017, 16:32

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Skype:

[30.01.2017 16:54:26] Va12220(valqwa): постараюсь сегодня слепить все "остатки" воедино
[30.01.2017 16:54:59] Кушелев Александр Юрьевич: ЗдОрово!
[31.01.2017 0:32:53] Va12220(valqwa): мы с тобой когда лепили коллаген, совершенно иные брали точки чем это сделано в скрипте Неделько
[31.01.2017 0:33:26] Va12220(valqwa): ну то есть абсолютно разные
[31.01.2017 0:36:25] Va12220(valqwa): мы с тобой начинали с такой вот конфигурации центров
[0.8355 -0.57 -0.795],
[0.291 -0.432 0],
[-0.705 -0.63 0],
[-1.335 -0.348 0]

а у скрипта ты-Неделько начало такое
1.364, 0.954, -3.04,
0, 1.41, -2.24,
0, 1.7, -0.539,
0, 2.53, 0.293,
[31.01.2017 0:43:03] Va12220(valqwa): буду отталкиваться от того, что мы делали при коллагене.
[31.01.2017 0:51:02] Кушелев Александр Юрьевич: А правильное расположение ещё нужно определить...
[31.01.2017 0:51:20] Кушелев Александр Юрьевич: Главное, чтобы алгоритм работал правильно.
[31.01.2017 0:51:43] Кушелев Александр Юрьевич: Ты знаешь, как сделать, чтобы нулевой композиционный угол был углом альфа-спирали?
[31.01.2017 0:52:08] Va12220(valqwa): я понял из твоего вопроса только первые 5 слов
[31.01.2017 0:52:21] Кушелев Александр Юрьевич: Тот алгоритм, что я предложил, с твоей точки зрения не имеет явных ошибок?
[31.01.2017 0:52:35] Va12220(valqwa): ты про какой алгоритм ?
[31.01.2017 0:53:00] Кушелев Александр Юрьевич: Там где про реверс
[31.01.2017 0:53:51] Va12220(valqwa): не помню такое
[31.01.2017 0:56:37] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/post/82872/#p82872
[31.01.2017 0:57:03] Кушелев Александр Юрьевич: Вот с этого места: [20.01.2017 16:11:59] Кушелев Александр Юрьевич: Угол должен быть один
[31.01.2017 0:57:53] Va12220(valqwa): т.е. интерактивный подход
[31.01.2017 0:59:12] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно. Иначе очень долго будем всё настраивать
[02.02.2017 15:10:32] Va12220(valqwa):
Изображение
[16:25:33] Кушелев Александр Юрьевич: Класс!
Если радиус колец 0.85, то расстояние от начала системы координат нужно увеличить процентов на 5
Kushelev M
Автор темы
Аватара
Откуда: г.Дмитров
Репутация: -204
Сообщения: 3307
Темы: 233
С нами: 3 года 1 месяц

Сообщение #7 Kushelev » 02.02.2017, 17:27

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Изображение
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/493.htm

VAK писал(а):Не сочтите за труд, расскажите нам, о чем написано в тексте ниже, взятого из оригинальной статьи журнала?

Кушелев: Не можете перевести на русский? Точно иностранный диверсант. Вас и окончания слов типа "взятого" выдают с головой...

Ловите перевод:

Kushelev: The second row (B,F,J) shows the AFM signal (frequency shift) recorded in constant-current topographic imaging with a CO-terminated tip. The dark spots in the flat regions correspond to Cu surface atoms that allow us to register the lattice overlay in the third row (C,G and K). The last row (D,H and L) shows the proposed adsorption sites, indicating top, fcc and hcp positions. An adatom centered on a fcc site thus continues the bulk fcc structure, whereas an adatom on a hcp site would break the crystalline order of the bulk. DFT calculations (21) reveal that dimers (D) adsorb with the two Fe atoms close to next-nearest bridge sites. On-top centered trimers (H) also adsorb with the three Fe atoms close to bridge sites, and tetramers (L) absorb on fcc sites. The top row and the rows below show different clusters.

Кушелев: Вторая строка (B, F, J) показывает сигнал AFM (сдвиг частоты), записанный при топографической съемке в режиме постоянного тока с CO-наконечником. Темные пятна в плоских участках соответствуют поверхности атомов Cu, с наложенной решёткой в третьем ряду (C, G и K). Последняя строка (D, H и L) показывает предполагаемые участки адсорбции, что указывает на вершину в ГЦК и ГПУ позиции. Адсорбированный атом находится в центре участка ГЦК, продолжая объемную структуру ГЦК, в то время как адсобрированный атом на участке ГПУ нарушил бы кристаллический порядок основной массы. Расчеты DFT (21) показывают, что адсорбированные димеры (D) состоят из двух атомов Fe, связанных с ближайшими атомами решётки. Тримеры в центре илл. (H) связаны с тремя ближайшими атомами Fe решётки. Тетрамеры (L) находятся на сайтах ГЦК. В разных рядах показаны разные кластеры.

Кушелев: Атомы меди имеют один валентный электрон. Из этих электронов и образуется электронная кольцегранная поверхность димера, тримера и тетрамера.

Изображение

Изображение

Взгляните на кольцегранную модель молекулы четырехатомного фосфора. Она тоже имеет молекулярную кольцегранную оболочку. Общую для 4 атомов.

Изучайте современную химию и физику. И будет Вам счастье :P

Изображение Изображение

Изображение Изображение

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/250.htm
Kushelev M
Автор темы
Аватара
Откуда: г.Дмитров
Репутация: -204
Сообщения: 3307
Темы: 233
С нами: 3 года 1 месяц

Сообщение #8 Kushelev » 05.02.2017, 12:50

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Skype, 2017-01-05:

[11:12:02] Andrei: Как продвигаются новые менеджеры по белкам?
[11:12:47] Andrei: На форуме ничего не нашел про это
[11:15:20] Andrei: Есть одна идея с этим, если захотите попробовать
[11:16:11] Кушелев Александр Юрьевич: Пока никак. Давайте пробовать.
[11:17:00] Andrei: Американка намекала раньше что хочет попользоваться этой программкой
[11:17:39] Кушелев Александр Юрьевич: Для начала предлагаю дать ей 2D-версию, которая надёжна на все 100%
[11:18:16] Andrei: цель не в этом
[11:18:21] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.narod.ru/Pikotech2D_3.6.zip
[11:19:24] Кушелев Александр Юрьевич: А 3D-версия во-первых не отлажена, т.е. не все ошибки исправлены, а во-вторых не подлежит передаче третьим лицам.
[11:19:46] Andrei: А почему не подлежит?
[11:20:03] Кушелев Александр Юрьевич: Потому что это - рабочий инструмент разработчика.
[11:20:14] Andrei: И что?
[11:20:39] Кушелев Александр Юрьевич: Это всё равно, что дать поюзать кусок коры головного мозга :)
[11:21:13] Andrei: У нее своя кора есть, ей чужие не нужны :)
[11:21:25] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть книгу "Пикотехнология белков" почитает.
[11:22:05] Andrei: Так вы поняли идею о чем я говорю?
[11:22:41] Кушелев Александр Юрьевич: Вы ей отправляли эту ссылку?
http://nanoworld.org.ru/topic/1150/
[11:22:56] Кушелев Александр Юрьевич: Вашу идею я пока не понял. Если можно, напишите доступно.
[11:23:16] Andrei: Тогда послушайте а не пихайте всякие ссылки
[11:24:18] Andrei: Идея дать полнофункциональную программу для некоммерческого использования взамен дачи отзыва
[11:25:00] Кушелев Александр Юрьевич: Давайте начнём с 2D-версии. Это полнофункциональная, простая в использовании программа.
[11:25:08] Кушелев Александр Юрьевич: Без ошибок
[11:25:32] Кушелев Александр Юрьевич: На ней можно набирать статистику
[11:25:43] Кушелев Александр Юрьевич: Видеть высокую корреляцию
[11:26:11] Andrei: 2Д это только список аминокислот?
[11:26:19] Andrei: кодонов
[11:27:06] Кушелев Александр Юрьевич: Нет. Это вторичная структура:

Изображение
[11:27:50] Кушелев Александр Юрьевич:

Изображение
[11:28:25] Andrei: Ну так это список кодонов?
[11:28:31] Andrei: последовательность?
[11:30:30] Кушелев Александр Юрьевич: Нет. Последовательность аминокислотных остатков - это первичная структура
[11:30:39] Кушелев Александр Юрьевич: А вторичная - это спираль, не спираль
[11:31:42] Кушелев Александр Юрьевич: Наша программа показывает 5 фундаментальных вторичных структур (альфа-спираль, 310-спираль, бета-спираль, пи-спираль и новую метиониновую спираль).
[11:32:06] Кушелев Александр Юрьевич: Кроме того программа показывает большое разнообразие программных спиралей
[11:32:31] Кушелев Александр Юрьевич: Всё это недоступно для РСА и других современных методов, т.к. базируется на научном открытии композиционного генетического кода.
[11:33:23] Кушелев Александр Юрьевич: Недавно мне удалось открыть ещё один композиционный генетический код. Митохондриальный. Виктория Соколик считала, что у митохондрий нет композиционного кодирования, но оказалось, что есть...
[11:33:52] Andrei: Она признала что ошибалась?
[11:34:01] Andrei: Подтверждает это?
[11:35:07] Andrei: Она ведь эксперт, не забывайте
[11:37:38] Andrei: Если ни один эксперт еще не подтвердил, то для корректности нужно добавлять слово "возможно", то есть возможно, что открыли.
[11:38:34] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория написала, что метионин не может образовать альфа-спираль, т.к. в пробирке полиметионин в спираль не сворачивается.
[11:39:18] Кушелев Александр Юрьевич: Но в пробирке ни один полимер из любой аминокислоты в альфа-спираль не сворачивается, так что аргумент Виктории не просто слабый, а никакой
[11:40:26] Andrei: Ну а я тем более не понимаю в этих аргументах, поэтому для надежности употребляйте более подходящее ситуации определение
[11:40:45] Кушелев Александр Юрьевич:

Изображение
[11:41:06] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее, как было сделано открытие метиониновой спирали: http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201701/19132836.html/
[11:41:17] Andrei: возможно открытие
[11:41:33] Andrei: это разные вещи
[11:41:42] Andrei: не подменяйте понятия
[11:41:51] Кушелев Александр Юрьевич:

Изображение
[11:42:06] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201701/26205906.html/
[11:42:15] Кушелев Александр Юрьевич: Возможно, возможно...
[11:42:46] Andrei: Поймите Вы хоть миллион ссылок дайте, это не сравнится с одним экспертным мнением
[11:43:22] Кушелев Александр Юрьевич: Вот Вы и покажите эти материалы американскому заказчику. Инетесно же узнать её мнение :)
[11:43:45] Andrei: которое кстати еще и ошибочным может быть, поэтому нужно скромнее себя вести
[11:44:02] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть она скажет про метионин в альфа-спиралях и о метиониновых спиралях
[11:44:18] Andrei: у нас есть только один выстрел
[11:44:40] Andrei: то есть заинтересовать полной версией
[11:45:14] Andrei: подумайте
[11:45:52] Andrei: если еще не готово, то подождем
[11:46:14] Кушелев Александр Юрьевич: 2D-версия готова. Ей и надо заинтересовать.
[11:46:48] Кушелев Александр Юрьевич: А 3D-версия может готовиться ещё долго и вызывать больше спорных вопросов. Да и давать её я никому не планирую
[11:47:21] Кушелев Александр Юрьевич: Другое дело - результаты её работы
[11:47:33] Andrei: Ну так и останетесь сидеть на ней как кощей на яйце
[11:48:04] Кушелев Александр Юрьевич: Результаты тоже могут заинтересовать
[11:48:10] Кушелев Александр Юрьевич: потенциальных заказчиков
[11:48:36] Andrei: Так и не нужно давать исходники, а только результаты
[11:48:43] Andrei: ехе файл
[11:48:58] Кушелев Александр Юрьевич: Это не результат. Результат - PDB-файл
[11:49:30] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, 2D-версия уже более информативна, чем РСА
[11:49:37] Andrei: нужно чтобы она сама могла это сгнерировать независимо
[11:49:49] Кушелев Александр Юрьевич: Не проблема
[11:50:04] Кушелев Александр Юрьевич: РСА часто не позволяет определить даже тип белка
[11:50:24] Кушелев Александр Юрьевич: А программа 2D работает безошибочно. На все 100%
[11:50:45] Andrei: вы опять забыли добавить слово "возможно"
[11:51:10] Кушелев Александр Юрьевич: А здесь это уже не нужно. РСА сам себе противоречит. Особенно, если это РСА разных лет
[11:51:31] Andrei: доказать это можете документально?
[11:51:41] Кушелев Александр Юрьевич: По старым РСА данным все спирали белка были прямыми. По новым уже гнутые :)
[11:52:27] Кушелев Александр Юрьевич: На форуме выложены данные по гнутым спиралям, которые ещё несколько лет считали бы ошибочными принципиально.
[11:53:04] Andrei: на форуме у вас что угодно можно выложить, это необъективный источник
[11:53:17] Кушелев Александр Юрьевич: Там ссылки есть на PDB
[11:53:46] Andrei: вот сейчас можете дать ссылку на разные версии одного и того же белка?
[11:53:57] Andrei: чтобы каждый мог убедиться?
[11:54:00] Кушелев Александр Юрьевич: Там старые версии удаляют
[11:54:09] Andrei: Ну вот видите
[11:54:44] Andrei: так какое решение вы предлагаете?
[11:55:04] Кушелев Александр Юрьевич:

Изображение
[11:55:07] Andrei: чтобы результаты она могла получить?
[11:55:11] Кушелев Александр Юрьевич: Эта картинка из PDB
[11:55:33] Кушелев Александр Юрьевич: Такие гнутые спирали несколько лет назад в PDB были просто запрещены
[11:55:46] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1544/page/28/
[11:55:54] Andrei: ссылки с вашего форума ничего не доказывают, я уже объяснил
[11:56:01] Кушелев Александр Юрьевич: Предлагаю переслать ей программу 2D
[11:56:15] Кушелев Александр Юрьевич: Я Вам дал материал из PDB
[11:56:18] Andrei: мы про 3Д говорим
[11:56:28] Кушелев Александр Юрьевич: 3D не готова и не подлежит
[11:56:57] Andrei: собираетесь сидеть на ней как кощей?
[11:57:06] Кушелев Александр Юрьевич: Не на чем ещё сидеть
[11:57:10] Andrei: в чем логика?
[11:57:28] Кушелев Александр Юрьевич: Нет ещё отлаженной 3D
[11:57:36] Andrei: это не важно
[11:57:42] Andrei: я про суть
[11:57:55] Кушелев Александр Юрьевич: И программу я не собираюсь никому давать. Только результаты её работы. PDB-файлы
[11:58:33] Кушелев Александр Юрьевич: Вы видели 6 фрагментов разных белков, которые замкнулись через дисульфидные мостики?
[11:58:40] Andrei: так ей и нужны эти файлы но чтобы было видно что это файл генерирует
[11:58:52] Andrei: то есть нужно дать генератор
[11:59:32] Andrei: можете ограничение внести туда например
[11:59:44] Andrei: на количество генераций
[12:00:11] Andrei: иначе никак, останетесь как кощей на яйце
[12:01:03] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/post/82560/#p82560
[12:01:41] Кушелев Александр Юрьевич: Здесь показаны коды 6 фрагментов белков, замкнутых через дисульфидные мостики
[12:02:01] Кушелев Александр Юрьевич: А как Вы их вручную сделаете?
[12:02:01] Andrei: не переводите тему
[12:02:14] Кушелев Александр Юрьевич: Вручную это сделать невозможно
[12:02:23] Andrei: давайте закончим с одним вопросом
[12:02:29] Кушелев Александр Юрьевич: Жизни не хватит
[12:02:30] Andrei: потом на другие
[12:02:42] Andrei: вы поняли мой вопрос?
[12:02:56] Кушелев Александр Юрьевич: Для проверки программа не нужна.
[12:03:27] Кушелев Александр Юрьевич: Там же коды есть. Композиционные варианты можно проверить вручную выборочно по таблице композиционного кода за несколько минут
[12:03:58] Кушелев Александр Юрьевич:

Изображение
[12:04:01] Andrei: это вы про что сейчас?
[12:04:16] Кушелев Александр Юрьевич: Про провекру Вашим экспертом моих данных
[12:04:35] Кушелев Александр Юрьевич: Она может все 6 фрагментов проверить по таблице вручную за несколько минут
[12:04:48] Кушелев Александр Юрьевич: Для этого программа не нужна
[12:05:36] Кушелев Александр Юрьевич:

Изображение
[12:05:47] Andrei: как проверять это ее дело
[12:05:51] Кушелев Александр Юрьевич: Там есть коды
[12:05:55] Andrei: она эксперт
[12:06:13] Кушелев Александр Юрьевич: Вот и дайте ей ссылку на 6 фрагментов белка
[12:06:17] Andrei: вопрос про 3Д вы поняли?
[12:07:22] Кушелев Александр Юрьевич: Так 3D строится по схеме композиционных углов, которые выводятся в 2D тоже
[12:07:41] Andrei: вопрос понятен мой или нет?
[12:07:51] Кушелев Александр Юрьевич: Не очень
[12:08:05] Кушелев Александр Юрьевич: Программа для проверки не нужна. Это Вы понимаете?
[12:08:23] Andrei: я задал другой вопрос
[12:08:28] Кушелев Александр Юрьевич: Какой?
[12:08:55] Andrei: ну так сосредоточьтесь и прекратите ссылки давать не по теме обсуждения
[12:09:32] Andrei: у нас есть только один выстрел
то есть заинтересовать полной версией
подумайте
если еще не готово, то подождем
[12:11:26] Кушелев Александр Юрьевич: Чем Вас не устраивает полная 2D-версия и результаты для 6 фрагментов, полученных недоделанной 3D-версией?
[12:11:42] Кушелев Александр Юрьевич: 3D-версию я по любому никому давать не планирую
[12:12:18] Andrei: не планируете значит собираетесь сидеть на ней как кощей на яйце.
[12:12:34] Andrei: это ваше право
[12:13:48] Кушелев Александр Юрьевич: Не сидеть, а зарабатывать с помощью 3D-версии. Что в этом плохого?
[12:14:02] Кушелев Александр Юрьевич: А анализировать результаты эксперты могут уже сегодня
[12:15:13] Andrei: с вашим мышлением сложно верится что можно на этом заработать хоть копейку, при условии отсутствия экспертного заключения даже самого захудалого.
[12:16:17] Andrei: версия с кощеем на яйце выглядит более правдоподобно, а не заработок.
[12:16:40] Andrei: но я могу ошибаться, поспрашивайте других людей
[12:17:01] Andrei: есть хоть один кто верит в ваш прогноз?
[12:17:39] Кушелев Александр Юрьевич: Вы читали рецензии на книгу "Пикотехнология белков"?
[12:17:58] Andrei: ну так вопрос мой исчерпан?
[12:18:09] Кушелев Александр Юрьевич: Если не читали, то почитайте
[12:18:37] Andrei: а это повлияет на кощея быть не кощеем?
[12:19:08] Кушелев Александр Юрьевич: Это ответ на Ваш вопрос по поводу наличия экспертных оценок: http://nanoworld.org.ru/topic/1150/
[12:19:45] Andrei: речь идет не о книге а программе
[12:19:57] Кушелев Александр Юрьевич: А Вы приложения к книге видели?
[12:20:05] Andrei: вы же ее результаты хотите продавать а не книги
[12:20:26] Кушелев Александр Юрьевич:

Изображение
[12:20:40] Кушелев Александр Юрьевич: Я для книги определил 100 белковых структур
[12:20:45] Andrei: в книге есть 3Д структура белка?
[12:20:57] Andrei: или только о 2Д речь?
[12:21:04] Кушелев Александр Юрьевич: Приложение 8 100 структур в формате PDB, PNG ... https://yadi.sk/d/nWEkBJRdhpP4D
[12:22:26] Кушелев Александр Юрьевич: Но выяснилось, что в программе есть несколько ошибок, поэтому в структурах белков тоже есть ошибки, что само по себе нормально. С каждой новой версией программы число ошибок и их величина будут уменьшаться.
[12:22:44] Andrei: ну так дайте ту что есть
[12:24:14] Кушелев Александр Юрьевич: Зачем?
[12:24:35] Andrei: Чтобы было видно что направление правильное например
[12:24:46] Кушелев Александр Юрьевич: Это можно вручную проверить
[12:24:56] Andrei: вручную никому не интересно
[12:25:25] Кушелев Александр Юрьевич: Коды на входе и на выходе известны. Они выводятся в 2D-версии
[12:25:33] Кушелев Александр Юрьевич: Таблица тоже опубликована
[12:25:50] Кушелев Александр Юрьевич: На любом шаге можно сделать выборочную проверку, которая займёт минуты
[12:25:58] Кушелев Александр Юрьевич: Если это неинтересно, значит неинтересно
[12:26:14] Andrei: ну тогда тем более непонятно чего бояться
[12:26:32] Andrei: если желания нет то и смысла нет
[12:26:48] Кушелев Александр Юрьевич: Я и не боюсь
[12:27:08] Andrei: надеюсь вопрос вам понятен?
[12:27:18] Кушелев Александр Юрьевич: Нет
[12:28:26] Кушелев Александр Юрьевич: Существующая версия 3D работает с ошибками, но для некоторых белков и их фрагментов без ошибок. Именно эти фрагменты я и предлагаю для эксперта. С каждой новой версией ошибок будет меньше и безошибочных моделей больше.
[12:28:55] Andrei: я не спрашивал про это
[12:29:02] Andrei: вопрос не об этом
[12:29:43] Кушелев Александр Юрьевич: Для экспертизы достаточно 6 примеров, которые я Вам дал
[12:29:55] Andrei: не хотите отвечать на вопрос так и скажите
[12:30:11] Кушелев Александр Юрьевич: И 2D-программы, которую я Вам тоже дал.
[12:30:23] Кушелев Александр Юрьевич: А вопрос Ваш мне непонятен
[12:31:04] Andrei: я понял, вопрос сложный и поэтому занимает время чтобы он дошел.
[12:31:37] Кушелев Александр Юрьевич: Угу
[12:31:43] Andrei: ок
Kushelev M
Автор темы
Аватара
Откуда: г.Дмитров
Репутация: -204
Сообщения: 3307
Темы: 233
С нами: 3 года 1 месяц

Сообщение #9 Kushelev » 16.02.2017, 22:02

Kushelev M
Автор темы
Аватара
Откуда: г.Дмитров
Репутация: -204
Сообщения: 3307
Темы: 233
С нами: 3 года 1 месяц

Сообщение #10 Kushelev » 17.02.2017, 00:55

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Изображение
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/482.htm
Пикотехнологические модели вошли в стандарты...
Дмитрий Кожевников в летней лаборатории Наномир (видео): https://yadi.sk/i/SSWSodhvhyb4a
Kushelev M
Автор темы
Аватара
Откуда: г.Дмитров
Репутация: -204
Сообщения: 3307
Темы: 233
С нами: 3 года 1 месяц


Вернуться в Уголок Кушелева

Кто сейчас на форуме (по активности за 5 минут)

Сейчас этот раздел просматривают: 1 гость

cron